（菱傳媒／台北報導）每年高達400億的「科發基金」預算，行政院主要是作為各部會緊急應用在重要科技發展上之用，因屬競爭型計畫不公開執行細目，每年立院審查預算時，都引發訾議與抨擊。立院人士說，幾乎每個部會單位都可以湊一腳，只要跟科技設備沾上邊就可以獲得補助，「亂湊一通蹭錢，執行細節不公開，問題很大」。
為讓施政推動有更大的「彈性」，政府除了法定預算外還有數額龐大的非營業基金可供使用，但也因基金編列、使用較法定預算更具彈性，藍綠不論誰執政，基金都易淪為各部會「小金庫」，立法院難以把關，審計部、監察院多年提出批評、糾正也無法改變。
立法院在預算評估報告多次批評，科發基金計畫僅列名稱與目標，資訊揭露過於簡略、難以監督，但該基金預算書仍是年年照舊。藍綠立委過去在審議預算時也抨擊，只要跟科技設備沾上邊就能補助，完全不符合科發基金設立精神，包括故宮展覽計畫、教育部電磁論壇、調查局監聽設備甚至空總創新基地案都引發爭議，也多次遭立委大刪預算。
沾上科技邊就可補助
立委何欣純直言：「連在立法院質詢都拿不到科發基金補助計畫的詳細資料，通常只有計畫名稱跟條列式的內容。」何更說，科發基金由於是讓各部會在急迫且具時效性的情況下提出計畫，形同讓各部會搶經費，所以提案內容根本可以「粗糙」來形容；且在執行率過低屢被糾正的情況下，各部會只好以降低門檻等方式結案，導致計畫成果不如預期，等同龐大的人民納稅錢被白白浪費。
對於外界質疑，包括行政院、科會辦、科技部（國發會前身）對外都強調預算規劃與審議，均經嚴謹程序及專業把關，但知情人士透露，科會辦過去有大半的人員從資策會借調，資策會又跟許多民間廠商有深厚的關係，加上科發基金一年有400億元經費，當然吸引各方爭搶，「選舉就是重新檢驗的時刻」。
